自2004年5月本实验室建立以来，致力于与农业生产密切相关的重要动植物生物信息学、功能基因组学和系统生物学研究，主要从以下几个方面展开：
（1）整合基因组学、转录组学、表观基因组、蛋白质组学和代谢组学等综合信息，构建重要动植物功能基因组综合信息平台；
（2）通过对大规模表观基因组和转录组数据分析，研究基因表达调控机制；
（3）以系统生物学手段，在跨平台数据挖掘的基础上，展开与植物生长发育及应答逆境胁迫等相关的功能基因研究。
水稻籼粳亚种间细胞凋亡差异反应的分子机制研究: 国家自然科学基金资助项目
棉花和拟南芥应答水分胁迫的转录组数据比较分析及基因表达调控网络的构建: 国家自然科学基金资助项目
能源高粱等能源植物选择性培育及遗传学规律: 国家重点基础研究发展计划（973计划）项目〈草本能源植物培育及化学催化制备先进液体燃料的基础研究〉子课题
植物应答高盐、低温胁迫的分子调控网络机制研究: 国家重点基础研究发展计划（973计划）项目〈作物适应高盐、低温胁迫的分子调控机理〉子课题，已结题
降解农药残留的水稻细胞色素P450的功能基因组研究: 国家自然科学基金资助项目，已结题
小RNA网络数据资源整合体系:
国家高技术研究发展计划(863计划)项目《网络海量RNA数据搜索、二次挖掘与应用集成软件开发》子课题，已结题
拟南芥JAZ家族基因在茉莉酸和脱落酸间交互作用及协调水分胁迫适应性的分子机制研究:
国家自然科学基金资助项目，已结题