苏震实验室


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凌毅 副教授

中国农业大学, 生物学院

Email: lingyi AT cau.edu.cn

 

 

1991 年本科毕业于北京农业大学(现中国农大)农业应用物理专业,获理学士学位。1991-1995年在中国农业大学图书馆工作,主要负责声像等非书资料的编目工作。1995年考入中国农业大学生物化学与分子生物学专业,在阎隆飞院士实验室从事植物肌动蛋白非编码区对基因表达的影响等方面的分子生物学研究。 1998年获得理学硕士学位。毕业后回到图书馆,历任馆员、副研究馆员,先后从事信息参考咨询、网络自动化系统管理、数字图书馆的建设与研究等工作(主要负责网络信息数据的整合;软硬件系统的调研与规划;专题数据库的建设规划与试验研究,制订建设实施方案;处理与解决数据库建设过程中出现的具体问题等)。 2003年初调入中国农业大学生物学院从事生物信息学课程与学科建设。

2003-2004 年,在武维华教授实验室进行实验技术进修,同时建立了国家生物学理科基地生物信息学教学实验室,建设中国农业大学功能基因组研究中心生物信息平台,承担生物信息学本科课程的教学工作。2005-2006年,加州大学圣地亚哥分校,国家公派访问学者,主要进行双语教学方法与技能培训。 2005-2008年,中国农业大学植物学专业生物信息学方向博士研究生, 主要进行全基因组功能基因的注释与分类,2010年获得理科博士学位。目前,在苏震实验室从事功能基因组数据挖掘及分析预测等工作。

曾主持校级本科生精品课程《生物信息学》建设项目(2009结题),参与863计划《蛋白质折叠识别的新算法开发》(2010结题)的研究工作,目前是转基因生物新品种培育重大专项《高通量基因克隆技术体系的研究》的子任务负责人。

 

发表文章:

Xin Yi, Zhenhai Zhang, Yi Ling, Wenying Xu, Zhen Su. (2015) PNRD: A plant non-coding RNA database. Nucleic Acids Research. 43: D982-D989.

Juan Yu, Zhenhai Zhang, Jiangang Wei, Yi Ling, Wenying Xu and Zhen Su. (2014) SFGD: a comprehensive platform for mining functional information from soybean transcriptome data and its use in identifying acyl-lipid metabolism pathways. BMC Genomics. 15:271.

Xueyan Zhang, Dongxia Yao, Qianhua Wang, Wenying Xu, Qiang Wei, Chunchao Wang, Chuanliang Liu, Chaojun Zhang, Hong Yan, Yi Ling, Zhen Su, Fuguang Li. (2013) mRNA-seq analysis of the Gossypium arboreum transcriptome reveals tissue selective signaling in response to water stress during seedling stage. PLoS ONE. doi:10.1371/journal.pone.0054762.

Yi Ling*, Zhou Du*, Zhenhai Zhang and Zhen Su. (2010)  ProFITS of maize: a database of protein families involved in the transduction of signalling in the maize genome. BMC Genomics. 11:580. (* Co-first author)

Zhou Du , Xin Zhou , Yi Ling , Zhenhai Zhang , and Zhen Su. (2010) agriGO: a GO analysis toolkit for the agricultural community. Nucleic Acids Research  38: W64-W70.

Liu F, Xu W, Wei Q, Zhang Z, Xing Z, Tan L, Di C, Yao D, Wang C, Tan Y, Yan H, Ling Y, Sun C, Xue Y, Su Z.(2010) Gene Expression Profiles Deciphering Rice Phenotypic Variation between Nipponbare (Japonica) and 93-11 (Indica) during Oxidative Stress. PLoS ONE 5(1): e8632.

Zhenhai Zhang, Jingyin Yu, Daofeng Li, Zuyong Zhang, Fengxia Liu, Xin Zhou, Tao Wang, Yi Ling, and Zhen Su. (2010)  PMRD: plant microRNA database. Nucleic Acids Research. 38: D806-D813

 

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