Gene Detail

1.Annotation (Gramene)

Annotation: PHD finger protein

2.Location

Chromosome	Strand	Region	Start	End	UCSC
4	+	gene	120648398	120651921	LINK

3.Sequences

Gene:

>GRMZM2G107807

GTTTTGGACGACGAGCACCTCGTGGTTTCCGCTTTTCCCAAATTGCCCCTCTGAAATCCTCGCAGGCCTACGGTCTCGCGGTATTGCGCTTCTCGTCTTCTCTAATCCTCTTCTGCTCCCTCCACTACCAGTCCACCACCACCACTGCTACCATCGGTTCCCCAAACCCTAGCCAAGGGACACGGTGGCCAGCGATGGACGGCGACAGAGAAGGCGCTGCGGCGGTGCACCACCACGCGCGCTCCCCCGAGGACGTCTTCCGCGATTTCCGCGCGCGCCGCGCCGGCATCGTCAAGGCACTCACCACGGGTCAGCTTGTCTCACGCATTTCCTGCCTCCTCCTGTTTGTCCTCTTGGTTTGTGGATGCTTCTCTGATGCTACAGCTGCTTCCGTGGTGCGCGCAGATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGGTGACGCGCCCGACTTTGCTCCCCTCTTTTTTTTCCCGTCCGTCTGTACTGCTCTTATCTTCGAGCTAAGCTTCGCCTTTCACTATATGCCGATCCGGCGTTTGTTTATGGAGCTCGATCCGGTTGCCGTTTAGAGATTCGTCGGATTATTTAAGGACGAATAGTGGTATTGTTAGCCCTTTACTTTTGTCAGATATGTAAGTTTATTCTGTAATTGATCTCACCCTCCAATCTGTTAAGATCATCAATTCAAGGCCGTAAGCTAAAGAAACTTGCGTAGATGAGTACGTCAATTAAAGGAAGTGCTTGGTAAATGGCATGGTTATGTAATTTAAAGTCCTATAATATGCTCCAGCTGCGGTCATTTGAATTTCAGTTTACATGCATAATGCTTTGATTGTACGTAAAAAAAACCATGTACATTACATAATAAAGGGGATTGACCAATTTGCATTTCCGTTTACATGCATAATGCTTGGGTTGTACGTAACAAACCATGTACCTTGCATAATGAAGGGGATTGACCAATCACAGTGCAGTATCACTTGATGGGACACACGATCATTTGGCTCATGTTGGTGTATGTCGGTATTTGCTGAAAGTTGCAGCCTCAGTAGAGTTGAATTGTACTCATTGTCATTGGTTACCATGGGCCTATTCATTTAAACCCTCAGATAGATGCCGTTTTGAGCTACAATCTGTTACTGCTGCTGTGAGGATTGAAATCTGGTTAAAACTATAAAAGCTAGCAAAATTGATGTAGTGCTTTTGACATGATATATCATGTAACCTGGTTTTTCCAGGTTGCCCTCCTGTGAATGAAAAAAGAATGAGAAGTAATATATGTTAGTAGAAGGAATTACAAATTGTATGAAGAATTGTGAAGTGGAGACAAGATAAAAGTCAGATGCAGACATTAATGGTGACTGGCCTAATATTGCTCAATGTCCACAAGTAATCCTGACATACATTCATGGAAAACAGTTATGAGTAAAGTGGCTTCTAGTCATCATTGCAGCATCTGTTTTACTTGATTAACATTTTTTAATAGCATCCTTGCTCTGCTGTCTACTGATGTTCAGTAACATGTCATAACTAGTGACGTGAACATATCAGATTCCATTTCCTTTGTTTTGTCCTGTTGACATATTTCTTTCCTTTTTATGCCAGAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTTACTCTTCCAGCTGAGGAAGTACCTCCTGAGCTTCCAGAACCAGCACTGGGCATAAACTTTGCCCGTGATGGAATGGTTGAAAAAGACTGGTTGTCTCTAGTTGCAGTTCATAGTGATGCGTGGCTCCTGTCTGTTGCATTCTACTTTGGAGCTCGCTTTGGATTTGATAAAGATGCAAGGTTTGTGTATTGTTTTTATTACAAAGGTTTAATTCATTTTCTTTGTGCTTTTATTCACCTCTTTACTGTATTTGTGTTTCCCTTTCATGTTTTTTTATTACAATATGGAACTTAGATACCTTTGGTCACAGTTTTGTTTCTATAATTTATTTTCATTTTTTTGGAAAAATGTTTTTCTTGACGCAAACGGCCCGGGGGGGGGGGGATATATTGTTCTTGTGTCTTGCTATGGGAATGGTTCAGGAGGGGGGAAGTGAGGCAGGGGGTGTTTGCTTCCAGAGGTTCTGGAGGCATCAGTTGCTGTGGGGAGATGCATATGTTGCTTCCACAGGTTGTGGAGGCATCAGATGCTATCGTGGAAACTGGACATTGGAGAGGGATCGTTGGGTTTTGTGGGCAAGAGTATTGTGGTGGTGCATTAGGGAAATGATGTAGGGAATGTGAGAGTTCAGGTATAAGACTGTGCTCAGTGGAAGGCTCCCTGCCATTATGCCATAGTTGTGGGGCGTCCCATTTCTAGGTGAGATGGGATTCCCTTAATTAGGTAATCTCCATTTTATTTTCCATTTATTATATCTGCAGCTATCTATCTTCCATTCTTTTGCTCATGATGCTCCTACCTCTCTCGTTGGAAAATTTATGTAAAGATGTATAAATGTTCCAGGTTTTATCCATTCTGTAGCAAAAAAAAAAAACCAAACAAAAGAAGAAAGAAAGCTATTACCACTGTTCCAAAATTTAGGTAGGTGTATAGCAAAAGCTATGTACCTAGAAAGGCCAAAACAACCTATAATTTGGGACACGCCGAGTAATTATTGGAGAACAAGAAAAATGAGATGATAATACATTGGCAGCATTTGGATTTCAGGAGAAGGCTCTTCACCATGATTAATAACCTGCCCACTGTTTATGAAGTTGTGACCGGGGTTGCTAAGAAGCAATCAAAAGCCCCCAACGGCAGCAGCAAAAGCAGCAAATCTAACTCTAAAGTAAGTAAATATCTTTGGTGTGTCTATGTGGATCAAAAGTAAGTATATGTGCTATATACCATCTTGCTAATGCTGTTCATGCAACCCCTGGCTCGTTTGGCGTGCCAACTCTTGCAGCCATCAAAACAGATCAATTCTAACAGTAAGCCTGTGAAGCCAGCCCACCCAAACGAAGAGGAGGATAGCGGCCGTGAGGACGCAGAGGAGGACCAGGCGTACCTGTGTGGGTCCTGTGGGGAAAGCTATGCGAATGGGGAGTTCTGGATCTGCTGCGATATCTGCGAGAAGTGGTTCCATGGCAAGTGTGTCCGCATCACCCCTGCAAAGGCAGAGCACATCAAGCAGTACAAGTGTCCCAGCTGCAGCACCAAGCGGAGCCGGGAATGACAGGCGCCCTGGGGCAGGACTCGCTCCCACTTGACGAAGCATTTAGAATCATTAGGAGCAGTGAAAGTGTGAAACTGTGTCATTAGAATCACTTCCTCTGTTTAGTGGACCAGTGCGTGTGCTGGCTGTTGTATTTTTCTCGTCGTGTGTTGTACACTGGTAGTAATGGACATGGTAGCTAGTGGTGACGTGTTGTGTTAGCAAGCAGGCTGACTGTTGTCATCGTAGAGTCGGATGAACTGCTGGAGTTTGGAAACACATGTTCAGTAATTCAGTGATGTTTAGCGTGTATGATAATTTTCTTCGGCTTG

Promoter(up TSS 3kb):

>GRMZM2G107807_promoter

CATCGTCCTCTATTGAATGCGGTGTCACATGGAGCAGATATTTGTATCATTGCATTTAATGTGCACATCTTCATGGTTCTCGAGAACTTTGGCCGAGGCCGGGCTCAAGGCTGGCCTTCGTCCGAGATGCCCTCGGGCGAGGCAGAAATTTCTTTCCGTAAAAGGGGTCCCTCGGGCGAGTCCAGGATCCACACAGGCACAACCTTTGCTCGAGGATAGGCTCGGACGAGGTGTAGTTTTGAGCAGCCGTTGAGCGGTCTCTCGGGCGAATCACGATTAGACCATGCGTGACCTCGGGGGAGCGTTTTCCGGTTTATGATTTCCTGGTACTCAGGTGCCGGATATGGTTAGGGGCATGATCCCACTAATTATGATATCCGACACTTACCGTTGCCTTCTTATAGGGCAAAGAAAAACATGTCTCACTTAACTGAGAAATAAGCTTAAAATATTGCAGACTGAACATGCAAATTGTCTTGTGAATGCCAGATCAAATAAGTTAACCGAGTCTTTCCGGTGAAATAGTTAGTAATTAGTATTGTTTCTCGTAATAAAACATATATGCCGCATGAAAGACTTATTTGTTCCACGACTCTAGATTTCTAACCCTTTAAAACAATTTATGCTATTGAAGTATATGATAATATATGTGTTTTTCTTTTTTATATAATCGTTATGCACTAATATTTTATAAAATAATTCGTTGTCATTGCAACGCACAGGTATTGTTGAAAGGGAAATAGGGTTAACCATTTTATATAATCGATTTTGGTGGTTGACGTACAACACAAATCACATGGATTAACTAGTTTGTCTAGATATCATTTATCTCAGGTGCATAAGGTTCAACACAAACCAAGAAAGAAATTCAATTAGGGACTCAATCAAAGAATTGAGCAAGACTTAGAGTGTGCTAGAATTTGGTGCATCAGACAGTGTCCGGTGCGCCAGCCGAGACAGCCAGCAAACCGACCACTCTCGGGTTTCTGCCAGGCGCGCTCCACTATAATTCACCGGACTGTCCGGTGAGCCAGCGGAGCAACGGCTCCCTGCGTGACAATGGTCGACTGTGCAGAGCTACAGTGGTGAACTGTGCCACGACAAAAGTCAGAGCACAGAAGTCAGAGGGCACCGGACTGTCCGGTGCAGTAAGAAGACAAACGTCTACAATGGTCAACTGCTCTGAATCCTAACGGTTGCGCTGACGTGGCGCGCACCGGACAGTGCACAGTGACTGTCCCGGTGCGCCCATCGCCAGCAGCCCTTGCCAACGGCTAGGAAGTGGTTGGGGGCTAAAATACCCCAACCACCTCATTCATTGGCATCCAAGTATTCTGAACATCCCACTCATTGCAAGATCAAAATACTTTACTCCAAGACACATTCAATAGATCAAATCCTCTCCAAGCCTCTAAATCAACTCAATTCCATTAGGGACTTGAGAGATGGTGTTTTGTGTTCTTTTGTTGCTCTTATTGCTTGGATTGACCTTTTTCTTTTTTCATTCTTATTCTCAAGTGCTTTGTAAGCGAAGCAAGTGACACCAAGTGTGTGGTGGTCCTTGCGGGGTCTTAGTGACCCGTGTGATTAAGGAAAAGTCTCATTCGATCTAAGTGACCGTTTGAGAGAGAGGGAAATGGTTGAAATAGACTCGGCCTTTGTGGACTCCTCAACGGGGACTAGGTTTTTTGGAACCGAACCTCGGTAAAACAAATCACCGTGTCTACTCGCTTTGATTCTCGTTTGATTTGTTTGCCCTTTCTCCTCTCTCTAACGTTTCCTTGCTAGTATTGATTTGAGTTCGCTCCCATACGTCATCTGCATCCTTTGAGCAACTCTTAGCAAGAAAAACAATCTTTCGGATTTGAATATAATTCTAACGCTAACCTCGGCCTTTAGTGTGTTAAAAATTTATAAATTTCAGGTTTCGCCTATTCACCCCCCTCTAGGCGACTTTCAATTGTACTAATATTTTTAAATAGTTTTGGAATACTAACGGTTTTAAGATGTCATGACACAACTGTAGTATTTTTAACATCACTCTTAACAATACGTGTTTGGAGACAAAATATTTCAAACCATAATATTTAGTATACATATGCAAGGCTAGCCATATATAAAATATTTAGGTTGGAGTGGAGTTTTAAATACTCCAAAAATATCATGGTATCTATAAAACCATAACATTATAACTAGAGTTTTTTACGAGATAGCCAAACACCTCTTATCAATAAATATGCTACCTTCGTTTCAAAATATGTTTCTTTCTAGGTTTTTTTGGTCCACATTCATTTTAATAATAATAAATACAGATATACGTGCAAATTACATTCACAGATTAACTAATAAATACATATTTAACATAAAACGAATTTTATTTTGGGACAAAGGAAATATTATAGTATTTTTCGTACCATGGTTTTAATTTTAAAACTCCAAAAATATTTCCTCCACACCTGCATAAAGAAAAGAGCGCACACTGCACACATCGAATCAACCCAACCGAATGCCCCCAATCCGTGTAATAGACGATGGTCCGAGTACGGTGGGCGAGCAGCATGGACCTTTGAGTTTGAGAGCGATGTGGGCACGGTGGGAGCACGAGCTCTGCTAATAGGAGTACAGGCTCCGTCGCCTCCGCCACTTGATTGAAGTGACGAACCGACGATTGCCCAGCAGTCTCGCTGAACCGGAAAGCGAAGTGTGGAACACGAAACCGAGTGCGACGGAAGAAGAGGAGCCGGATCCGGCAAGGGAAGTGGAACATGGAAAACAACTCAAATGGGCTCGTTTTCAGTAGATGCGGCCCATGATTTGGTGAAAAAAACCGGCCCAATCACGTCACGTCCGTCAAGCCAATCTTGATCAGCAAGGTGGGTCCATGACTAATCTTGGCCTAGCTTCTGTAGTGCGCGGAAAGCCGAGCCCAGTTCACGGGCCCACTATCCTTTTGCAGTTTTGCTCCCACAGTGCCCCTTGCTTGAAAGCGAACTGGAACAT

Transcript:

>GRMZM2G107807_T01

>GRMZM2G107807_T02

AAATTGCCCCTCTGAAATCCTCGCAGGCCTACGGTCTCGCGGTATTGCGCTTCTCGTCTTCTCTAATCCTCTTCTGCTCCCTCCACTACCAGTCCACCACCACCACTGCTACCATCGGTTCCCCAAACCCTAGCCAAGGGACACGGTGGCCAGCGATGGACGGCGACAGAGAAGGCGCTGCGGCGGTGCACCACCACGCGCGCTCCCCCGAGGACGTCTTCCGCGATTTCCGCGCGCGCCGCGCCGGCATCGTCAAGGCACTCACCACGGGTCAGCTTGTCTCACGCATTTCCTGCCTCCTCCTGTTTGTCCTCTTGGTTTGTGGATGCTTCTCTGATGCTACAGCTGCTTCCGTGGTGCGCGCAGATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGGTGACGCGCCCGACTTTGCTCCCCTCTTTTTTTTCCCGTCCGTCTGTACTGCTCTTATCTTCGAGCTAAGCTTCGCCTTTCACTATATGCCGATCCGGCGTTTGTTTATGGAGCTCGATCCGGTTGCCGTTTAGAGATTCGTCGGATTATTTAAGGACGAATAGTGGTATTGTTAGCCCTTTACTTTTGTCAGATATGTAAGTTTATTCTGTAATTGATCTCACCCTCCAATCTGTTAAGATCATCAATTCAAGGCCGTAAGCTAAAGAAACTTGCGTAGATGAGTACGTCAATTAAAGGAAGTGCTTGGTAAATGGCATGGTTATGTAATTTAAAGTCCTATAATATGCTCCAGCTGCGGTCATTTGAATTTCAGTTTACATGCATAATGCTTTGATTGTACGTAAAAAAAACCATGTACATTACATAATAAAGGGGATTGACCAATTTGCATTTCCGTTTACATGCATAATGCTTGGGTTGTACGTAACAAACCATGTACCTTGCATAATGAAGGGGATTGACCAATCACAGTGCAGTATCACTTGATGGGACACACGATCATTTGGCTCATGTTGGTGTATGTCGGTATTTGCTGAAAGTTGCAGCCTCAGTAGAGTTGAATTGTACTCATTGTCATTGGTTACCATGGGCCTATTCATTTAAACCCTCAGATAGATGCCGTTTTGAGCTACAATCTGTTACTGCTGCTGTGAGGATTGAAATCTGGTTAAAACTATAAAAGCTAGCAAAATTGATGTAGTGCTTTTGACATGATATATCATGTAACCTGGTTTTTCCAGGTTGCCCTCCTGTGAATGAAAAAAGAATGAGAAGTAATATATGTTAGTAGAAGGAATTACAAATTGTATGAAGAATTGTGAAGTGGAGACAAGATAAAAGTCAGATGCAGACATTAATGGTGACTGGCCTAATATTGCTCAATGTCCACAAGTAATCCTGACATACATTCATGGAAAACAGTTATGAGTAAAGTGGCTTCTAGTCATCATTGCAGCATCTGTTTTACTTGATTAACATTTTTTAATAGCATCCTTGCTCTGCTGTCTACTGATGTTCAGTAACATGTCATAACTAGTGACGTGAACATATCAGATTCCATTTCCTTTGTTTTGTCCTGTTGACATATTTCTTTCCTTTTTATGCCAGAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTTACTCTTCCAGCTGAGGAAGTACCTCCTGAGCTTCCAGAACCAGCACTGGGCATAAACTTTGCCCGTGATGGAATGGTTGAAAAAGACTGGTTGTCTCTAGTTGCAGTTCATAGTGATGCGTGGCTCCTGTCTGTTGCATTCTACTTTGGAGCTCGCTTTGGATTTGATAAAGATGCAAGGTTTGTGTATTGTTTTTATTACAAAGGTTTAATTCATTTTCTTTGTGCTTTTATTCACCTCTTTACTGTATTTGTGTTTCCCTTTCATGTTTTTTTATTACAATATGGAACTTAGATACCTTTGGTCACAGTTTTGTTTCTATAATTTATTTTCATTTTTTTGGAAAAATGTTTTTCTTGACGCAAACGGCCCGGGGGGGGGGGGATATATTGTTCTTGTGTCTTGCTATGGGAATGGTTCAGGAGGGGGGAAGTGAGGCAGGGGGTGTTTGCTTCCAGAGGTTCTGGAGGCATCAGTTGCTGTGGGGAGATGCATATGTTGCTTCCACAGGTTGTGGAGGCATCAGATGCTATCGTGGAAACTGGACATTGGAGAGGGATCGTTGGGTTTTGTGGGCAAGAGTATTGTGGTGGTGCATTAGGGAAATGATGTAGGGAATGTGAGAGTTCAGGTATAAGACTGTGCTCAGTGGAAGGCTCCCTGCCATTATGCCATAGTTGTGGGGCGTCCCATTTCTAGGTGAGATGGGATTCCCTTAATTAGGTAATCTCCATTTTATTTTCCATTTATTATATCTGCAGCTATCTATCTTCCATTCTTTTGCTCATGATGCTCCTACCTCTCTCGTTGGAAAATTTATGTAAAGATGTATAAATGTTCCAGGTTTTATCCATTCTGTAGCAAAAAAAAAAAACCAAACAAAAGAAGAAAGAAAGCTATTACCACTGTTCCAAAATTTAGGTAGGTGTATAGCAAAAGCTATGTACCTAGAAAGGCCAAAACAACCTATAATTTGGGACACGCCGAGTAATTATTGGAGAACAAGAAAAATGAGATGATAATACATTGGCAGCATTTGGATTTCAGGAGAAGGCTCTTCACCATGATTAATAACCTGCCCACTGTTTATGAAGTTGTGACCGGGGTTGCTAAGAAGCAATCAAAAGCCCCCAACGGCAGCAGCAAAAGCAGCAAATCTAACTCTAAAGTAAGTAAATATCTTTGGTGTGTCTATGTGGATCAAAAGTAAGTATATGTGCTATATACCATCTTGCTAATGCTGTTCATGCAACCCCTGGCTCGTTTGGCGTGCCAACTCTTGCAGCCATCAAAACAGATCAATTCTAACAGTAAGCCTGTGAAGCCAGCCCACCCAAACGAAGAGGAGGATAGCGGCCGTGAGGACGCAGAGGAGGACCAGGCGTACCTGTGTGGGTCCTGTGGGGAAAGCTATGCGAATGGGGAGTTCTGGATCTGCTGCGATATCTGCGAGAAGTGGTTCCATGGCAAGTGTGTCCGCATCACCCCTGCAAAGGCAGAGCACATCAAGCAGTACAAGTGTCCCAGCTGCAGCACCAAGCGGAGCCGGGAATGACAGGCGCCCTGGGGCAGGACTCGCTCCCACTTGACGAAGCATTTAGAATCATTAGGAGCAGTGAAAGTGTGAAACTGTGTCATTAGAATCACTTCCTCTGTTTAGTGGACCAGTGCGTGTGCTGGCTGTTGTATTTTTCTCGTCGTGTGTTGTACACTGGTAGTAATGGACATGGTAGCTAGTGGTGACGTGTTGTGTTAGCAAGCAGGCTGACTGTTGTCATCGTAGAGTCGGATGAACTGCTGGAGTTTGGAAACACATGTTCAGTAATTCAGTGATGTTTAGCGTGTATGATAATTTTCTTCGGCTTG

CDS:

Protein:

4.Chromatin states

States in Promoter (2kb)	States in Genebody	States in Downstream (2kb)
E26,E17,E29,E26,E23,E3,	E3,E4,E5,E7,E22,E6,E22,E6,E11,E3,	E11,E23,E26,E23,

5.Protein domain

Protein ID	Pfam Accession	Pfam Annotation	Alignment Start	Alignment Start	E-value
GRMZM2G107807_P01	PF00628.26	PHD	202	250	3.70E-10
GRMZM2G107807_P01	PF12165.5	DUF3594	18	144	7.60E-66

6.Blast top3 hits

Species	Gene ID	Blast Evalue
Arabidopsis thaliana	AT3G42790	4.00E-95
Arabidopsis thaliana	AT1G14510	6.00E-95
Arabidopsis thaliana	AT5G20510	1.00E-94
Oryza sative	LOC_Os02g35600	1.00E-121
Oryza sative	LOC_Os11g14010	7.00E-103
Oryza sative	LOC_Os04g36730	2.00E-101

7.Heuristic function module

Category	Family
GO	GO:0005515
GO	GO:0046872
GO	GO:0008270
GO	GO:0035064
GO	GO:0005829
GO	GO:0055065
GO	GO:0016036
GO	GO:0048767
Subcellular location	nucleus
Subcellular location	plastid

8.Predicted function module

Category	Family
null	null