Gene Detail

1.Annotation (Gramene)

Annotation: DNA-directed RNA polymerase II 8.2 kDa polypeptide; DNA-directed RNA polymerase II polypeptide; Uncharacterized protein

2.Location

Chromosome	Strand	Region	Start	End	UCSC
8	+	gene	164712934	164717168	LINK

3.Sequences

Gene:

>GRMZM5G834335

GTTCACAATCACAACCTCCACGACCAACGAGGCAACGACCAAACGTCCAAACCCTTCCCCCTCCCTAGCTCCGTGCTCCAGCGGGAGTCCGCGGCGGCGGTGAAGATGATTATCCCAGTGCGCTGCTTCACCTGCGGCAAGGTAACACGCCCCTCCGGACTCCTCCTACGCTTCGCGCGTCCGGTTTGGGTTATGTTGATTCCTCTAGGTTTTGGCGTACCCCTCTGGGTCTGCAGCACTGAAGTACCCAACGCGTCGTGATTCGGGTACACCGCTTGCTAGACTACCCGACTACCAGCCGCGTCTCGAGCACGACTGCGACTTAGGGTTTTGGTGGTGACGACGTTCCTTAGGGTTTTCATTTTTCGTTAGGTTTGTTCTTATGTTGAGAATCTCGGGGGGGGGGGGGGGGAGACATTACCGTGAAAAGTGAGTTGAACTAAGGTGCGTTTGTTTCTCGCTATTTCAGGTTATTGGGAACAAGTGGGATCTATACCTCGACCTCCTCCAGGCCGACTACTCAGAAGGGTAAAACCTCGTGTCTTTTTATCACAAGCCTTATGTTGCGGTTTTATCACTGCATCTCGAGTGGTGTTTCTGTTGCAACGTGCTATGAGGTTAAGATATATGCTACTCCTGGATAACTGAACACAACTGCACAAGCCGTCAAGCCAAAAGGATAAATTTACCATGCTTCTTCTCCCTATATAGTATATATAAATAAATATTTCATTTATTAGTTCTGTCAATTCAGCTCTTTCCTAAAATTTGTTGTGAAACCTGGCATACGAGATCATTTGTACATTCTCTTCAGTGTGGTAGCTCATATTAATTGCAACACTTCAGTAATCTTTTATTTATAAAATTCGGACTCTAGGCTGTCAAGAATGACACTGCAATATGCTGTATATCTTCTTACCGACAAAGATAACCAATAGAGTGTATTGATCTGTAGTTAATCAGTAAGAGCTTAGGTACACTGATTCAGCAGCAGTAGCAGTGTGCCCTTGACTATATGCCTGACAATCGTTAACAGTTTACTGACTAGAGGTCACTGATCTGTAGGTGGATTTCTTTGTACAGAATTAAGAGATTTGTAGCCTATAAGCCTTATTTGTATGCTTTCAAATTGTCATCGTGTGGCCTCCCTACACCTACATGTTATCTTAATTCAGATTAGCTAAGATATATATGTCCGTAACTTCATTTTTTAATTTTTGTGTTCAACTAGGATCTCATGCTTAACCTTCTATTGTATTTATACATCCTGAATGTTGTTAGCTGAAATTAATCATTACTAATGCTATTTATGTTTAATAATACATTTTTTTACACCGAACTGAATTTTATTACTCATGACAACGAAATTACAGAAGTTTGTGAAACTTAAACCATTCTTATCCTGAAACCAACTACTCTCATCTTTACTTAACGCCCAGGGCTCAGATGAGGTGGCAACCACCGCACTAAAACACCAAAACGAACCCTGAGTTCAGATGATATGATCCTACATAAAGGAACATGTTTAACAGTACATAGAAGACACATTTGGGGCCTGTTTGTGAGTGAAGTAATTTTGTAGTTTCTAGGCGATACCATGATTTTTAGTAATACCATAGCATTTTTTGCCATCAGGTGTTTGGTTGCATTCTTGAAAACTATGTTTTCAAAATTATGATATTCTAGATAGTAGATACCATGATATTTTTAGAGTATTGGAAACTCCACTCTAACCCAAAGATTTCATGGCATGACTAGCTTTTGCCTAATATAATGGTTTACAATATTGTATCCAAACAATGTTTCTGAAAACCATGGTATTTTCAGAACTGACCAAAACTATAGTATTGTCATGACAATTGTAAAGTATAGTATTGTAAAACCATGGTTTTGAGAAACATTGTAGCCAAACAGGCCCTTGATTGTGAGCCCAAGATACTAAATCCATTAAACAAGTGGACACCTATCATGGGTGCAGTGGGCTAGGCCATATAGGCTGGTCAGTTAGTATTAAAGGTTCATTAGGGTTTTGGTTAGAGATAAGATGAGCTATCTTGCTTTGGGAGTCGAGTAAGGCTCTAGCGATACAAGGAGGGGTATTGTATCAATTAAATCAAGCAAGAAGAAATGGCTATAAAAGGTTGTCTCTAGCTGATCGTGCTTATGGTCGTGCAAAACACTGTTTTGCACTATAGACTGCACTATTTATAGAGTGAAGTTTAAAATAGAAGATGAGATGGGAGATAGGATGAGGTTGTCTTCGGTGGAACGTGTAAAATAGGGGACGCGGAATTGTAGATGACACTTTTTGACACTGTTTGCAGAGTAGAGTTTGAAATAGGAATGAGATAGGGAATGCGATAGAGGATCTATTGGAGATGACCTAAGTTGCTAGAGACAGCCTAAGGAAAGGTGGTCTTTCAAATATCAATCAATCAAGGAAGAAATAGATCTATTATCCCAGTCCCCTTCTATCCCTACCCTTAAGGTGGCTGTCTGATGTCGGGCTTCTTAAGTTGGGGCCATCCGGATCAAAATCCATAAGATCTTACTATATGGAAATGTACCTCCATGTCTGCAATTCTTCATATATGTTTATTTGTGATTTTTCCTCCAACATGCTGGGGAGTGGGGAGCTACATATCATCATATCAAGAGCCAGCCTTATTCTTCTGACGTGAGGGCAGATAAGATGGGATAATCCTTTTGAGCCTGCTCATACTCCAAAACTGCATCTCCTCACTAATTAGCGATAGCACTTCTGCTAGGTTAGGAGACCCTAAAGCAAACACTGGTTGCCGTGGTTACAAATCGACCATGCTCCTAAGAGATGGAGTTGAGCCCCTTCCTAACTTGTCCATCTACTGTCTCGTTTGCACTATTGGCACCAATCATTCAAGGAAAGCTCATGTCAACAATAACCTAAATATACTAGTGTATTAAAAAATTTTGTGCTATGTGTTGCAGTTGGTAAAGATTGTGACCTACTCAGTTCCCTGAGCATATAAGGGCTCCAAATCCTTGTTACTGATTGAATTGTATTTTCTGTCAAGTATCGTTAAAAATTATCCGTCTTCTGTATCCACAAATTCCATTCATCATAATGCTATGACATAAACTGATAGCATCCATGATCTTAATTTCTGTGCTTTCTATTGCCAGGGATGCTCTGGATGCTTTGGAATTGTTCCGCTACTGCTGCAGGCGAATGCTCATGACACATGTTGACCTCATTGAGAAGTTGCTCAACTACAACAGTAAGTTGATTTTTGAGTTGTTATTCACGTTGTGATTTTCATTTATGGCTGCACCACTTATAGATGTATCAATCTTTATTTTCAGCCCTAGAGAAGACCGAGACAAGTTAAGCGAGCACATCATGCTCCAAAAACACTACTGTTTGGCAGTATCATAGAGCTTAGGTAGTATGTTGTCTCTTCTCTATCAGTAGAAATGGGTTGTGAGTGTGAACATGCTTTTCAAGGACTTTTCATGCGACAGTGCTTGTTGCCACCTATGCAACGATGTTGGATATTTTAAGTGATATAATTGCTAAAAGAAAGCTAATGTATTTGTGTGAATTGGGTCGATAATATTTCGTTGACAGATGTGCGTTTTTGGTTGGACTACATTTAGTGATGCATGCTGGTACATATTTTATTATTGTATTCTATAACTCTAATCGACATTTCTGATACATAGGAGATATTGCTGTCTCTATATCCGAAGTATTAATATTATTCAATCACATGCGGCCGTTCTGGTAGACGTTCTAATGATGTCCATCAGGCGATGGCGTTACTTGCCAGTACCAGACAACCAAACATCAATCAACGAAAGAGACTTGAAAGGGCAAGGGCAATATCGAGAGTTTACCTTGAGACTGTCTTTGTTGCCTCGCCAACTCATCTTGAGCATTGCCGTCTGGTAAGGTATCAGTCCGTGGCCAGAAAAAATAGGCAACGGTGGAATACATTATGCTGCTTTGGTTCAGCCACAAAAGAGGCAACGTTAATGGGAATATCTACCCTAGGTATCTGTTACATGCAATGATCAGCGGGTTTTGTTTGGTTGCAACCGAGGTGAACAGCTTGGCATTGAATCACGACTAGTGGGGAGCGGTAATGATTTTTCACAAGTCTGTAACAGATGTCACGGTGATTGATTGCAGCCTATTACAACCAAACATAGGGTTATGCAATATTATAACCAAACATAAAGTTACGTAAAAGATA

Promoter(up TSS 3kb):

>GRMZM5G834335_promoter

CCCGTGCTCCAGTTCACCAACTTCACCGCAACGCAGGCACTTCTTGACGAAATTGGTGGCAGCACGTCGTCCTGTATCCATGTCATCGATTTTGATCTTGGCGTTGGAGGCCAGTGAGCTTCTTTCTTGCAGGAACTTGCGCGGGTCCCGCCGCCGCGCGTTCTCGCCGGGGTGGACGAAGGGGCACTCCATCCAGTCGTCGGAGTACGCGCCGCGAGGAGGTCCTCGAGCGCCGTGGAGTCGTTGTTGGCCGCGAGCTCCAGTAGCCACGCAGTTACAGCCGCAGCCGCGTCGGTGTTCTCTGGCGCAAGAACACTCGAAGTCTGGCTAGGGGTAGATTAGTACGAAGGGTAATACAAGTTGCAGAAAGAGCAACATAACAGACGTTAATAAAGCGTGGAGCATTAACTGTCCTAATATGGCGCGGTTGTGAGCTTCAGAATACTAAAATGGCGATGCGCAGCTGCGGAGTAATAAAGTAACGAAGCCGCGCGACGAATCTCAGATAATTCCAGAGGTTCACGAATACTCTATCACCGGTGTTGATCAAAATACAAGGGGAGTGATCAATTGTATGGAACGGTGACTCGGCTGGCAACCTTATGGAGATGAGGTCTCGCTCCCGGAGCAACTGGCGACCCCCCGGCGCCCCCGTCGTCCGCGCCGCCACCGCCGCTACCTCTCCCTCCCCTCCTCTCTTGACCACACCGCACTCGATAGGTCAGCCAAGCTCACGCGCCAACCACCACAATCGCCCCCCGCCCCTGTCCTCGCCCCCGCTGCTCGTCTCCGCCCGCCTGCAAGCCAACATGTGTTAGACAATCTAATCACGCTCAAGCCAGGTAAGTGTCTTCTTGACAGGACCTTCTCCATTGCTATTCCTTCTCTGCTTCGGATCCTCTATCCCCTTTATGACTTCATCTGATCCATCGTACATTTGGATAACCCCTGCTTCGAGCTTGTCTTGCCCTTAGCCTCAGCGTTTCCCAACCTGAACCGTCACATGTTTCGTGTTTAGTGTTCCTGTCCGGAATGATAACGTTCGCTCAATTGTTGATTTTGAAATGATAATGTTCGCTCGAATTATAACTTAAACACACATTACAAACCGGAGTTAGCTTTAAATTTAAATTCAAATCCAAAATAAAAGGAAAAACAAATCAAACAAGAATCAAGACGAGTGACACGATGATTTATTTTACCGAGGTTTCGTTCTAAAGAACATAGTCCCCATTGAGGAGGTCAAAAAGACCGGGTCTATTTCAATCTTTTCCCTCTCTCAAACGGTCACTTAGATCAAGTGAGCCTTCTTCCTTAATCTCACGGGTCACTGAGACCCCGTAAGGACCACCACACACTTGGTGTCTCTTGCTTCGCTTACAAAACACTTGAGAATAAGAATGGGAAAAGAAAAATGCCAAGCCAAACAACAAGAGCAATAAAAACACAAAACACCCTCTCTCAAGTCCCTAATGAATTTGAGTTGATTTGGAGGCTTAGAGATTATTTGATGTGTCTTAAAGTGGAGTCTTATGCTCTTGTATTGAATGAGATGTTTGGAATACTTGGGTGGATATGAATGAGGTGGTTGGGGTATTTATAGCCCCCAACCACTTCTATAGCCGTTGGGGAGGCTGTTGGTGATGGGCGCACCGGACAGTCCGGTGCGCCACCGGACAGACACTGTTCCTTGTCCGGTGCGCTGGCACGTCACCCAACCGTTAGGGTTCGGAGTTGGGTCGACCGTTGGAGCTTTGTTTTCTTGCGGCACCGGACAGTTCGGTGCCTCTCTAACTTCCTGCTCTGACTTCTGCCGTGACACTGTTCATCTGTCAGAGTCGACCGTTGGTCCCAGAGAGTCGTTGCTCCGCTGGCACACCGAACAGTCGGTTAATTATAGCGGAGCACACCCTGAAACTCCCGAGAGTGGCTGGATTGAAGTTGTACAACCTGGTGCACCGGATATTGTCTGGTGGCACACCGGACAGTCCGGTGCGCCAATTTTCAGCACACTCAAGTTCTTTGCTCCGTTTCAAATTGAGTCCCTAACTTGAATCTTCTATTGGTTTGTGTTGAACCTTATGCACATGTAATACACGAATTCTAGGCAATGTAGTTAGTCCATACGTTTGTGTTGATTATCAACCACCAAAATTAGTTATAGGAAATAGTTAACCCAATTTCCCTTTCATTGAGCGATGAACATACGTGAGCTCACCCTTGTTGTCTCACACCCCCACAGGTCAAGAACATGCACCACAGGATGAGGCACATGGAGGATGGTGCGATGTGTTCGTGAGAGGTCTAGGTCGTCGTCTCCCAGTCAACTTTATGGTGCCAAGGATGGACTTTAGTTCGTTTTATATTTATATTTTATTTTGTAAGACTTCCGCTATGTAATAAGTACTCTAATGATATTGTGACATTTATCTCTATACACTGTGTTATTATATGTGTTGTCCTTTTTGGCGTATATATGAGATGCACCCGGGTTTATCCCTTAAATCCGGGTGTGACACCTCCCTTCTTTTACAACTAGTTTGGGAGCCAGAAAATCAGAGGGTATTTGAGGAGCTAGAATTCCTTTTCTTATTCAAAATTAAATAAGAACAGGATTCTAGCAACTCTAATACCCTTTGATTTTGTGGCTCCCAAACTAGTCCCTAGTGTCACGGGTTCCTCGCTCCCTCATTTGTCACTATTTTACGAAGAAAAAGATGAAACAAGTTTTATAGGGATGAAACTATGTTTACACTGTTTTCTAGATATATTATATTTTCCAAATAAAACTCTCTACCGTGAGACTGTTTCAACCAAGATTTTATTTCTTTTATGTTTATGTGTCATCTTGAAACTACCACCGAATGGCCTTATGAGCCATGATATGAGGCCTTTGAGATAGAAAAAAAGAGATGGAAATTGGTGTGCTAGGCCCAATCGTCCAGCCCAAAGCCCATCACATGTGCTTACTATTATAGCTGCCTCGCTCGCTTCTCTTTC

Transcript:

>GRMZM5G834335_T01

>GRMZM5G834335_T02

CDS:

Protein:

4.Chromatin states

States in Promoter (2kb)	States in Genebody	States in Downstream (2kb)
E13,E25,E17,E25,E11,E4,	E4,E5,E7,E21,E22,E14,E22,E6,E22,E6,E13,E3,E6,	E6,E3,E11,E13,E21,E22,E15,

5.Protein domain

Protein ID	Pfam Accession	Pfam Annotation	Alignment Start	Alignment Start	E-value
GRMZM5G834335_P01	PF01194.14	RNA_pol_N	1	59	2.30E-31
GRMZM5G834335_P02	PF01194.14	RNA_pol_N	1	59	4.00E-31

6.Blast top3 hits

Species	Gene ID	Blast Evalue
Arabidopsis thaliana	AT1G11475	1.00E-43
Arabidopsis thaliana	AT1G61700	3.00E-42
Arabidopsis thaliana	AT3G63210	1.8
Oryza sative	LOC_Os11g08940	7.00E-37
Oryza sative	LOC_Os12g07980	3.00E-32
Oryza sative	LOC_Os12g17900	2.1

7.Heuristic function module

Category	Family
KEGG pathway	zma00230
KEGG pathway	zma00240
KEGG pathway	zma03020
KEGG module	zma_M00180
KEGG module	zma_M00181
KEGG module	zma_M00182
GO	GO:0003677
GO	GO:0008270
GO	GO:0003899
GO	GO:0000418
GO	GO:0005665
GO	GO:0006351
Subcellular location	mitochondrion
Subcellular location	nucleus

8.Predicted function module

Category	Family
B73 maize development conditional network	SRP010680CFM200
B73 maize development conditional network	SRP010680CFM835
B73 maize development conditional network	SRP010680CFM1284
B73 maize development conditional network	SRP010680CFM1362